1、有機肥含有有機物質可以提高土壤營養成分，但化肥只供應作物無機營養，其長期應用的土壤是不好的。
  
  2、有機肥含有多種養分平衡和完成，而化肥養分單一，長期使用會使土壤和食品營養不均衡。
  
  3、有機肥養分含量低，因此需要大規模的應用，但化肥養分含量高和低的應用
  
  4、有機肥肥效持續時間長；化肥肥效短而強，但很容易使養分流失和環境污染
  
  5、有機肥來自自然無任何化學原料，提高農產品質量；化肥屬于化學合成物質，使用不當會降低產品的質量
  
  6、有機肥處理只需要爛，提高抗旱、抗病、抗蟲能力，減少農藥的使用量；化肥減少長時間使用–植物免疫，它需要大量的化學農藥來維持植物生長，容易增加食品有害物質。
  
  7、有機肥含有大量有益微生物促進土壤生物轉化處理，以提高土壤肥力的優點；但化肥會抑制土壤微生物的活動，導致自動調節能力下降。